La Dirección General es un órgano subordinado del Consejo Directivo; está a cargo de un director general y de un director general adjunto, quienes son los funcionarios de mayor jerarquía, para efectos de dirección y administración del Instituto.

Les corresponde colaborar, en forma inmediata, con el Consejo Directivo en la planificación, la organización y el control de la Institución; así como en la formalización, la ejecución y el seguimiento de sus políticas. Además, desempeñan las tareas que le atribuyan los reglamentos y le corresponde incoar las acciones judiciales en la defensa de los derechos del Instituto, cuando lo determine el Consejo Directivo.

En las ausencias temporales y en las definitivas, el director general será sustituido por el director general adjunto, mientras se produzca el nombramiento del propietario.

Funciones principales:

Son atribuciones y deberes de la Dirección General las siguientes:

a) Velar por el cumplimiento de las leyes, los reglamentos y las resoluciones del Consejo Directivo.

b) Informar al Consejo Directivo de los asuntos de interés para la Institución y proponer los acuerdos que considere convenientes.

c) Ejercer las funciones inherentes a su condición de Dirección General, organizar todas sus dependencias y velar por su adecuado funcionamiento.

d) Suministrar al Consejo Directivo la información regular, exacta, completa y necesaria para asegurar el buen gobierno y la dirección superior del Instituto.

e) Presentar al Consejo Directivo los proyectos de presupuesto ordinarios y extraordinarios para el período fiscal correspondiente y las modificaciones respectivas y, una vez aprobados, vigilar la correcta aplicación.

f) Nombrar, remover y aplicar el régimen disciplinario a los servidores del Instituto, de conformidad con los reglamentos respectivos. Para el nombramiento y la remoción del personal de la auditoria, se requerirá la anuencia del auditor general.

g) Atender las relaciones del Instituto con los personeros de gobierno, sus dependencias e instituciones y las demás entidades, nacionales o extranjeras.

h) Ejercer las demás funciones y facultades que le asignen la presente Ley y los Reglamentos del Instituto.

i) Todas las funciones que en el futuro se consideren necesarias para el cumplimiento de los objetivos de la Institución.

Prohibiciones:

Al director general y al director general adjunto, se les prohíbe lo  siguiente:

a) Ejercer profesiones liberales fuera del cargo, salvo en asuntos estrictamente personales, en los de su cónyuge o sus ascendientes, descendientes y colaterales por consanguinidad y afinidad hasta tercer grado.

b) Desempeñar otros cargos públicos remunerados o ad honórem, puesto que deben desempeñar sus funciones a tiempo completo en el Instituto. De esta prohibición, se exceptúa el ejercicio de la docencia.

c) Participar en actividades político-electorales con las salvedades de ley. La violación de cualesquiera de estas prohibiciones constituirá una falta grave del servidor y dará lugar a su destitución por justa causa. Para ser nombrados, el director general y el director general adjunto deberán ser mayores de edad, costarricenses, de reconocida solvencia moral, poseer el grado académico de licenciados y experiencia amplia y probada en el campo relacionado con las drogas.

Designación del Director General y Director General Adjunto:

Para el nombramiento de estos funcionarios, el Consejo Directivo designa una comisión especial, la cual analizará los atestados de los oferentes que opten por el puesto y elevará su recomendación al Consejo Directivo.

El nombramiento y la remoción del director general y del director general adjunto le corresponde libremente al Consejo Directivo.

Para ser nombrados el Director General y Director General Adjunto, deberán:

-        Ser mayores de edad

-        Costarricenses

-        De reconocida solvencia moral

-        Poseer el grado académico de licenciado

-        Experiencia amplia y probada en el campo relacionado con las drogas.