El Instituto tendrá una Unidad de Auditoría Interna, la cual funcionará bajo la dirección inmediata y la responsabilidad de un auditor, quien deberá ser contador público autorizado, con amplia experiencia en sistemas de informática. La Auditoría Interna contará con los recursos necesarios para el cumplimiento adecuado de sus funciones.

La estructura técnica y administrativa de la Unidad de Auditoría Interna se dispondrá reglamentariamente.

La Auditoría Interna ejercerá sus funciones con independencia funcional y de criterios, respecto del jerarca y de los demás órganos de la administración. Su organización y funcionamiento se regirán de conformidad con lo establecido en la Ley Orgánica de la Contraloría General de la República, el Manual para el ejercicio de las auditorías internas y cualesquiera otras disposiciones que emita el órgano contralor.

El auditor será nombrado por el Consejo Directivo, mediante el voto favorable de dos terceras partes de sus miembros. Permanecerá en el cargo un período de seis años y podrá ser reelegido. Estará sujeto a las mismas limitaciones que la presente Ley y sus Reglamentos establecen para la Dirección General, en cuanto le sean aplicables.

El auditor solo podrá ser suspendido o destituido de su cargo por justa causa y por decisión emanada del Consejo Directivo, con observancia del debido proceso. Para la destitución se requerirá el mismo número de votos necesario para nombrarlo, de conformidad con lo dispuesto por la Contraloría General de la República.

La Auditoría Interna, además de realizar auditorías financieras operativas y de carácter especial, tendrá las siguientes competencias: 

a) Controlar y evaluar el sistema de control interno correspondiente y proponer las medidas correctivas. 

b) Cumplir las normas técnicas de auditoría, las disposiciones emitidas por la Contraloría General de la República y el ordenamiento jurídico. 

c) Realizar auditorías o estudios especiales, en relación con cualquiera de los órganos sujetos a su jurisdicción institucional. 

d) Asesorar, en materia de su competencia, a los jerarcas de su Institución y advertir, asimismo, a los órganos pasivos que fiscalicen, sobre las posibles consecuencias de determinadas conductas o decisiones, cuando sean de su conocimiento. 

e) Cumplir las demás competencias que contemplan las normas del ordenamiento de control y fiscalización.

a) Tener libre acceso, en cualquier momento, a todos los libros, archivos, valores y documentos, así como a otras fuentes de información relacionadas con su actividad.

b) Solicitar a todo funcionario o empleado de cualquier nivel jerárquico, en la forma, las condiciones y el plazo que estime convenientes, los informes, datos y documentos necesarios para el cabal cumplimiento de sus fines.

c) Solicitar a los funcionarios y empleados de cualquier nivel jerárquico, la colaboración, el asesoramiento y las facilidades que demande el ejercicio de la Auditoría Interna.

d) Cualesquiera otras potestades necesarias para el cumplimiento de las normas y los manuales de control y fiscalización que emita la Contraloría General de la República.

El Consejo Directivo del Instituto será el responsable de implementar las recomendaciones emitidas por la Unidad de Auditoría Interna. Si la Administración discrepa de dichas recomendaciones, deberá emitir por escrito un acuerdo fundamentado, en un plazo de treinta días hábiles, el cual contendrá una solución alternativa. De mantenerse la divergencia de criterio entre la Administración y la Unidad de Auditoría Interna, corresponderá a la Contraloría General de la República aclarar las divergencias, a solicitud de las partes interesadas.

El Consejo Directivo será el responsable de establecer, mantener y perfeccionar sus sistemas de control interno. Las normas que el Consejo dicte al respecto, serán de acatamiento obligatorio para la administración responsable de implementar y operar el sistema.